แหล่งกำเนิดภายใต้ระบบ PRTR แบ่งเป็น 2 ประเภทคือ

  • แหล่งกำเนิดที่ต้องรายงานข้อมูล (PRTR Point Source) : หมายถึง แหล่งกำเนิดมลพิษที่ถูกกำหนดให้ต้องรายงานข้อมูลการปลดปล่อยและเคลื่อนย้ายมลพิษ (ข้อมูล PRTR) ให้กับหน่วยงานราชการที่รับผิดชอบ ตามเกณฑ์การรายงานข้อมูล (ทั้งนี้ การดำเนินโครงการนำร่องการจัดทำ PRTR ตั้งแต่ปี 2561 กำหนดให้ โรงงานอุตสาหกรรม เป็นแหล่งกำเนิดประเภทเดียวที่ต้องรายงานข้อมูล PRTR ให้กับหน่วยงานภาครัฐ หรือกรมโรงงานอุตสาหกรรม) 
  • แหล่งกำเนิดที่ไม่ต้องรายงานข้อมูล (PRTR Non Point Source) : หมายถึง แหล่งกำเนิดที่หน่วยงานราชการเป็นผู้ประเมินหรือคาดประมาณการปลดปล่อยมลพิษ ประกอบด้วย 
    1. แหล่งกำเนิดที่ไม่ใช่โรงงานอุตสาหกรรม ได้แก่ บ้านเรือน การเกษตร การก่อสร้าง (ทาสี) สถานีบริการน้ำมันเชื้อเพลิง และ ยานพาหนะ
    2. แหล่งกำเนิดประเภทโรงงานอุตสาหกรรม ประกอบด้วย โรงงานอุตสาหกรรมเป้าหมาย 9 ประเภทที่ไม่เข้าข่ายต้องรายงานข้อมูล อาทิ มีปริมาณการใช้สารเคมีต่ำกว่าเกณฑ์ ที่กำหนด และ อุตสาหกรรมอื่น 10 ประเภท ที่ไม่ใช่เป้าหมายต้องรายงานข้อมูลให้กับหน่วยงานราชการ

กรมควบคุมลพิษ กรมโรงงานอุตสาหกรรม และการนิคมอุตสาหกรรมแห่งประเทศไทย ได้ดำเนินโครงการนำร่องในการจัดทำ PRTR ในพื้นที่จังหวัดระยอง (เริ่มในปี 2556) จังหวัดสมุทรปราการ (เริ่มในปี 2559) และ จังหวัดชลบุรี  (เริ่มในปี 2560) ทั้งนี้ ได้มีการจำแนกประเภทแหล่งกำเนิดมลพิษภายใต้การดำเนินโครงการนำร่องการจัดทำ PRTR ในแต่ละช่วงเวลาต่างๆ ดังนี้

การจำแนกประเภทแหล่งกำเนิดมลพิษในการดำเนินโครงการนำร่องการจัดทำ PRTR ปี 2556

การจำแนกประเภทแหล่งกำเนิดมลพิษในการดำเนินโครงการนำร่องการจัดทำ PRTR ปี 2557 – 2560

การจำแนกประเภทแหล่งกำเนิดมลพิษในการดำเนินโครงการนำร่องการจัดทำ PRTR ตั้งแต่ปี 2561